Hace 50.000 años, tribus de 'Homo sapiens' habitaban el este de Africa. Cazaban y se defendían de sus enemigos utilizando hachas y puntas de lanza fabricadas en piedra y sujetas a mangos de madera. Se servían de instrumentos de hueso para curtir las pieles que vestían, y comenzaban a elaborar recipientes para contener el grano salvaje que recolectaban y otros alimentos. Utilizaban los elementos naturales para decorar sus cuerpos, incluido el ocre rojo para la piel y el cabello, y desarrollaron complejos rituales para enterrar a sus muertos.

Con el paso de los siglos aprendieron a desarrollar estructuras sociales y de comunicación, practicando formas rudimentarias de comercio y agrupándose en aldeas en las que criaban animales domésticos. Las diferencias geográficas resultaron en distintas fuentes de materiales y de alimentación, lo que comenzó a originar civilizaciones con costumbres y modos de vida característicos. Algunos sitios prehistóricos en Kenya incluyen Gamble's Cave, Njoro River Cave y Hyrax Hill, a las afueras de Nakuru.

Hace 6.000 años comenzaron las primeras invasiones que vinieron a turbar la paz de los pueblos cazadores-recolectores de las praderas. Debido a los cambios climáticos en el norte del continente, los pueblos pastores cuchitas y nilóticos emigraron hacia el sur en busca de mejores pastos. Muy superiores técnica y militarmente, los cuchitas y los nilóticos dominaron con facilidad a los nativos de Africa Oriental. Poco más tarde, sobre el año 500 A.C., los bantúes hicieron su aparición desde el oeste.

De los flujos migratorios y de las interacciones entre los diferentes pueblos que habitaron estas mesetas se originaron todas las tribus de la actual Kenya. Los bantúes, cuchitas y nilóticos definieron sus lenguas y costumbres, que aún hoy perduran. Sin embargo, es probable que hoy queden pocos descendientes de aquellos cazadores-recolectores nativos de las Tierras Altas de Kenya.

Fue por entonces cuando Africa Oriental comenzó a recibir visitantes que llegaban por mar, algo que sería una constante en la historia de Kenya durante muchos siglos. Probablemente los primeros fueron los navegantes indonesios, que alrededor del 500 A.C. dominaron las costas del Índico. Su influencia dejó huella principalmente en Madagascar, pero también recalaron en las playas continentales del Africa Oriental, donde su herencia se pone de manifiesto en el lenguaje, la música, la navegación y en algunas frutas como el coco y la banana.

El oriente de Africa se asoció desde la antigëdad a las fuentes del Nilo Blanco. Sin embargo, en los albores de nuestra era, la región aún era desconocida para los grandes imperios del norte, egipcios, griegos y romanos. Durante muchos siglos continuó siendo 'terra incognita'. Herodoto (484? A.C.-430/420? A.C.), el historiador griego que narró las guerras greco-persas, fue un gran viajero y navegó el Nilo hasta la primera catarata en Elefantina (Aswan). Los antiguos egipcios conocían el Nilo probablemente hasta Khartoum, en Sudán, y el Nilo Azul hasta su nacimiento en el Lago Tana, Etiopía. Pero ni Herodoto ni los egipcios mostraron excesivo interés en el nacimiento del Nilo Blanco.

El primer explorador conocido del Africa Oriental fue Diógenes, un comerciante grecorromano egipcio que en el año 110 D.C. se aventuró hacia el sur, desembarcando en el puerto de Rhapta, posiblemente la actual Pangani, en Tanzania. En su obra "Periplo por la Mar Eritrea" describió la costa de Azania (Tanzania?), e incluso se internó tierra adentro hasta avistar dos grandes lagos y una cordillera de cumbres nevadas donde se situaba el nacimiento del Nilo. Un geógrafo llamado Marinus de Tyro recogió esta información, que llegó así a Ptolomeo (85/90 D.C.-165/168 D.C.). En el año 150 D.C., el gran astrónomo, geógrafo y matemático griego dibujó en su mapa una cordillera, a la que denominó 'Lunae Montes', cuyas cumbres nevadas alimentaban los dos grandes lagos de donde bajaban las aguas del Nilo Blanco. Así nació la leyenda de las montañas en cuyos picos nevados se reflejaba la luna como en un espejo, las Montañas de la Luna. Los mapas de Ptolomeo se perdieron, pero fueron posteriormente redibujados por los eruditos renacentistas en el siglo XV (1482) a partir de las instrucciones que el autor detalló en su obra 'Geographike hyphegesis'. Estos trabajos cartográficos, incluyendo el error de situar el nacimiento del Nilo en las Montañas de la Luna o cordillera del Ruwenzori, en la frontera entre el Congo y Uganda, perdurarían como fuente de referencia hasta las grandes exploraciones del siglo XIX.