A partir de la toma de Fort Jesus en diciembre de 1698, el Sultanato de Omán comenzó a gobernar desde Muscat sobre las antaño prósperas ciudades de la costa swahili, al norte de Cabo Delgado. Sin embargo, los puertos de Africa Oriental no recuperaron su antiguo esplendor, dado que la nueva metrópoli ejerció idéntico control sobre el tráfico de las rutas comerciales del Índico. Esto, unido a la tiranía de los gobernadores omaníes en las ciudades costeras, incitó a la rebelión contra los invasores en Mombasa y Pate, donde los representantes del imperio fueron asesinados y el pueblo se negó a pagar los impuestos exigidos por el Sultanato. Así comenzó un periodo de pequeñas guerras entre las ciudades aún dominadas por Omán y aquellas en las que los rebeldes habían tomado el poder y declarado su independencia.

Un intento de solucionar las revueltas fue entregar el gobierno de las ciudades a familias swahilis leales a Muscat. En Mombasa, la dinastía Mazrui fue designada para gobernar la isla en 1741. Sin embargo, la maniobra no encontró el éxito esperado: tras el asesinato del sultán de Omán Saif ib Sultan, el primer gobernador Mazrui de Mombasa, Muhammad ibn Uthman al-Mazrui, se negó a reconocer la autoridad del nuevo regente, Said al-Busaidi. Éste, decidido a atajar la revuelta de Mombasa, envió una flota para asesinar a al-Mazrui y ocupar Fort Jesus. Un año después, sin embargo, un hermano de al-Mazrui asesinó al nuevo gobernador de Mombasa y recuperó el fuerte. El efecto de la rebelión se extendió a otras ciudades de la costa y a la isla de Pemba.

Las luchas internas en la dinastía gobernante en Muscat también afectaron a la estabilidad de la costa esteafricana. En 1784, un hermano del sultán Busaidi se apoderó de la franja sur del litoral, apropiándose de Kilwa y Zanzíbar con la intención de crear su propio sultanato. El sultán reaccionó rápidamente y arrebató sus posesiones a su hermano rebelde, hecho que le permitió asimismo recuperar el resto de las ciudades.

Comenzaba así un breve periodo de calma bajo el gobierno central de Muscat, hasta que a principios del siglo XIX la dinastía Mazrui emprendió una campaña de ocupación de las ciudades costeras, desde Pangani hasta Malindi. Esta época coincidió con el ascenso al trono de Omán de un nuevo y poderoso sultán, Seyyid Said, tras asesinar a su hermano en 1806. Mientras tanto, los dos nuevos colosos imperiales, Inglaterra y Francia, se disputaban el comercio con la India. Los franceses poseían la Isla de Francia, Bourbon, las Seychelles y la Isla de Rodríguez. Para aprovisionar de esclavos a las plantaciones de caña de azúcar de sus colonias en el Índico, Francia controlaba el comercio de esclavos en la zona sur de la costa, siendo Kilwa, en manos omaníes, su principal centro de suministro. La derrota de Napoleón en 1815 permitió a los ingleses extender su dominio a las Seychelles y la Isla de Francia. El padre de Seyyid Said había firmado una alianza con los vencedores, lo que el sultán aprovechó para solicitar su ayuda en una operación de reconquista de la costa esteafricana.

Un importante conflicto enturbiaba la alianza entre Omán e Inglaterra: los británicos querían acabar con el tráfico de esclavos, la principal fuente de riqueza del sultanato. Los omaníes disponían de boyantes centros de comercio de esclavos en Kilwa, Bagamayo y Zanzíbar, este último para aprovisionar a la India y los países árabes. Además, el creciente florecimiento del imperio británico dejaba claro quién marcaba ahora las reglas del juego en el escenario del Índico. Muy a su pesar, en 1822 el sultán se vio obligado por el gobernador de Mauricio a firmar un tratado de abolición del comercio humano. En realidad, este acuerdo tenía intenciones políticas: no afectó al tráfico con los países árabes, pero sirvió para cortar a los franceses el flujo de esclavos procedentes de las posesiones omaníes.

Ante el ansia expansionista de los Mazrui, otros puertos de la costa vieron amenazado su territorio. En 1822 los gobernantes de Pate solicitaron la ayuda del sultán, quien envió sus tropas contra Mombasa. Por otra parte, la simpatía de los británicos, los nuevos reyes del Índico, estaba en disputa. Los Mazrui ya habían solicitado sus favores, siendo rechazados por dos veces en virtud de la alianza anglo-omaní. Pero en 1824 el capitán Owen, al mando del navío 'HMS Leven', arribó al puerto de Mombasa en el preciso momento en que la armada del sultán atacaba Fort Jesus. De forma unilateral, Owen tomó la decisión de apoyar a los Mazrui, intuyendo que el establecimiento de una base en Mombasa podía contribuir firmemente a la abolición del tráfico de esclavos en la zona. El teniente Reitz, un joven oficial de 21 años de edad, desembarcó al mando de un pequeño contingente y clavó la bandera británica en Mombasa, declarando el primer protectorado inglés. Posteriormente, en 1826, las presiones del sultán obligaron a Inglaterra a revocar dicho status.

El fallido primer intento del sultán por recuperar Mombasa fue seguido por otro segundo, hasta que finalmente el hijo de Said conquistó la ciudad para su padre. En 1840 toda la costa estaba finalmente en manos del sultán. Comprendiendo que su alejamiento de la región le impedía controlarla adecudamente, este mismo año Seyyid Said tomó la decisión de trasladar la capital del sultanato de Omán desde Muscat a Zanzíbar. La decisión tenía también carácter económico: además de marfil, cera de abejas y caparazones de tortuga, el comercio tradicional de la isla, ésta se afianzaba como centro de primera magnitud en el comercio de esclavos. Said dejó a su hijo Seyyid Thuwani en Muscat, a cargo de los asuntos de Omán.

La isla conoció un periodo de esplendor a la luz de su capitalidad. El sultán amplió las plantaciones de clavo y las extendió a la isla de Pemba, dominando las cuatro quintas partes de la producción mundial. Tras los esclavos y el marfil, el clavo se convirtió en la tercera fuente de exportación. En el terreno político, Said consiguió finalmente derrotar a los Mazrui, cuyos principales líderes había arrestado y exiliado en 1837.

El floreciente desarrollo del sultanato de Zanzíbar contribuyó decisivamente a incrementar el interés europeo por el dominio de Africa Oriental. Sus relaciones comerciales con las potencias condujeron al establecimiento de consulados de Inglaterra, Alemania, Portugal, Estados Unidos y Francia. Para evitar la dependencia de los ingleses, el sultán firmó acuerdos comerciales con Francia y Alemania, mejorando al mismo tiempo sus relaciones con América. Sin embargo, su propensión hacia los británicos le obligó a firmar con el cónsul inglés Hamerton un nuevo acuerdo de prohibición de la exportación de esclavos en 1845. A pesar del tratado, el tráfico no se redujo.

En 1856, Said murió de disentería. Su hijo Seyyid Majid, con el apoyo de los traficantes de esclavos y los ingleses, se proclamó sultán de la isla de Zanzíbar y de la costa de Africa Oriental. Este movimiento no fue aceptado por su hermano Thuwani, que se consideraba el legítimo heredero. La cuestión se zanjó con un reparto, avalado por los ingleses: Thuwani se quedaba con Omán y Majid con Zanzíbar y la costa. De esta manera, Africa Oriental se desgajaba definitivamente del sultanato de Omán.