Mientras los exploradores europeos se embarcaban en gestas épicas para ser los primeros en desvelar el misterio de las fuentes del Nilo, el interior de Kenya permanecía oculto para occidente. Con la excepción de las incursiones de Rebmann y Krapf, el temor a los guerreros maasai y a las duras condiciones climatológicas del desierto de Taru, que se extendía más allá de la franja costera, conservaron ignoto durante años el camino más corto para llegar al nacimiento del gran río, al norte del Lago Victoria. La historia del interior de Kenya durante todo el periodo anterior es una historia de migraciones, de invasiones, de guerras entre etnias rivales que nunca habían conocido al hombre blanco. Sería Thomson el que definitivamente uniría el destino de estos pueblos al de los extranjeros que se repartían el dominio de la costa.

El mapa del interior de Kenya estaba principalmente poblado por bantúes, cuchitas y nilóticos durante los primeros siglos de nuestra era. Al contrario que los reinos de Uganda, los cuales poseían una compleja estructura social y una definición territorial que se tradujo en asentamientos sólidos y estables, las tribus de Kenya constituían pueblos sin Estados. Las frecuentes invasiones y las encarnizadas luchas han borrado casi por completo las huellas históricas de aquellos movimientos. Los sirikwa, de origen bantú, llegaron a realizar construcciones de piedra en los siglos XVII y XVIII, pero fueron exterminados por las tribus camitas y nilóticas.

Las migraciones e invasiones estaban motivadas por la búsqueda de nuevos pastos y tierras más fértiles, así como por el deseo de apoderarse de la riqueza de las etnias vecinas, su ganado y sus mujeres. A su vez, las tribus atacadas huían a tierras más tranquilas, desplazando en su movimiento a otros pobladores. Con el paso de los siglos, las diferentes tribus llegaron a establecer relaciones comerciales y alianzas para soportar los periodos de sequía.

Hasta el siglo XVI, diferentes grupos étnicos habitaban las áreas bantúes de Uganda Oriental hasta el Lago Victoria. El sur del lago y la región de Nyanza estaban ocupados por los Kisii. A partir del año 1500, los Luo comenzaron a invadir el litoral nororiental del lago. Algunas tribus de la zona fueron integradas por los nuevos pobladores, pero otras fueron empujadas hacia el norte y el este, ocupando la tierra de Buluyia y agrupándose en lo que hoy conocemos como el pueblo Luyha. Por su parte, los Kisii, desplazados por los Luo y por las guerras de los Maasai y los Kipsigi, emigraron hacia el norte hasta su actual asentamiento en las Kisii Hills.

Al este de Kenya, la entrada de los somalíes, cuchitas del norte procedentes del Cuerno de Africa y posiblemente originarios de Arabia, desplazó a los Boran y los Galla, también cuchitas. Los Boran ocuparon la región de Wajir, mientras que el movimiento de los Galla hacia el este empujó a los grupos bantúes orientales, ubicados en la costa norte, hacia el sur y el oeste. Los Mijikenda se asentaron al sur de Malindi, mientras los Kikuyu y los Embu emigraban al interior siguiendo el curso del río Tana.

Procedentes de la región al norte del Lago Turkana, los nilóticos Maasai se desplazaron hacia el sur, asimilando en sus migraciones a algunos de los grupos Kalenjin. A comienzos del siglo XVIII, los Maasai ya dominaban las tierras centrales del país hasta el norte de la actual Tanzania. Su espíritu guerrero privó a los esclavistas árabes de explotar las rutas septentrionales, y sus continuos asaltos a las tribus vecinas en busca de su ganado y sus pastos obligaron a éstas a emigrar. Huyendo de los Maasai, los Kikuyu se refugiaron en las zonas boscosas de las Tierras Altas. Posteriormente, entre 1840 y 1870, los Maasai se enzarzaron en una serie de luchas internas entre clanes rivales que condujeron a su declive. Durante esta época de decadencia, algunos clanes Maasai se integraron con sus vecinos Kikuyu, Taveta y Chaga en Tanzania. Aún hoy, los Maasai creen que llegará un día en que recuperarán su antiguo poderío.

Durante el siglo XIX, los Kamba comenzaron a organizar caravanas que transportaban marfil desde el interior hasta los centros comerciales de la costa. Mientras, en la región occidental del país, los Nandi aprovechaban la debilidad de los Maasai para constituirse a finales de siglo en en el grupo más poderoso de la zona, dominando a los Luyhas y Luo, al tiempo que comenzaban las expediciones del hombre blanco al interior de Kenya.