Joseph Thomson (1858-1895), escocés, geólogo, naturalista y explorador, fue quien definitivamente abrió el interior de Kenya al conocimiento y al dominio imperialista de las potencias de occidente. Con sólo veinte años había participado en una expedición de la 'Royal Geographical Society' liderada por Alexander Keith Johnston. A la muerte de éste por malaria, Thomson guió la expedición a través del territorio entre los lagos Nyasa (Malawi) y Tanganyika, pero un intento de incursión en el Congo fue frustrado por el ataque de los nativos Buye (Waruwa). Regresando a la costa por Tabora, el grupo liderado por el joven Thomson descubrió el Lago Rukwa. Los detalles de este primer viaje quedaron plasmados en 'To the Central African Lakes and Back' (1881).

La segunda expedición de Thomson no alcanzó gran relevancia. El sultán Bargash de Zanzíbar sospechaba que junto al río Rovuma, en la frontera actual entre Tanzania y Mozambique, se localizaban ricos yacimientos de carbón. En 1881 financió un viaje de prospección a la zona, para lo cual contrató al geólogo Thomson. Este cumplió su misión, pero tales yacimientos no existían, frustrando los sueños del sultán de hallar su propio El Dorado. Furioso por el fracaso, rehusó enviar un barco de rescate a la expedición y se negó a recibir a Thomson durante tres meses.

Unos años antes, en 1874, Stanley había abierto la corte del rey Mutesa I, en Buganda, a los misioneros europeos. Estos no tardaron en llegar a Kampala, primero los protestantes ingleses en 1877 y después los católicos franceses en 1879. La dificultad de los viajes a la cabecera del Nilo, que discurrían por las rutas del sur, impulsó la necesidad de construir un ferrocarril utilizando el camino más corto.

Así, en 1882, la 'Royal Geographical Society' organizó una expedición para abrir el camino a través del país Maasai. El asunto más espinoso era encontrar quien se hiciera cargo de tan suicida viaje; Stanley exigía un auténtico ejército, lo que estaba fuera del alcance de los presupuestos de la Sociedad. Thomson se ofreció sin condiciones. Con un reducido grupo, pocas armas y tan sólo 25 años de edad, el 15 de marzo de 1883 Thomson partió de Mombasa para cruzar el temible desierto de Taru.

Antes de comenzar su viaje, Thomson se había encontrado con la desagradable sorpresa de que otro grupo, liderado por el naturalista alemán Gustav Fischer, ya había partido hacia el interior. Ambas expediciones fueron simultáneas, pero Fischer sólo consiguió llegar hasta el Lago Naivasha.

En abril, Thomson rodeó el Kilimanjaro y se adentró en tierra Maasai para encontrar un pueblo orgulloso y desconfiado, en plena decadencia a causa de las guerras internas y las epidemias de cólera y viruela. El explorador mantuvo una relación cauta con los maasai, estableciendo pactos y colmándoles de regalos. Les hacía creer que era un mago, hablando con los dioses e impresionándoles con sus trucos, como sacarse la dentadura postiza o añadir polvos efervescentes al agua. Avanzando con cautela y soportando la agresividad de los maasai, Thomson llegó al pozo de agua que hoy conocemos como Nairobi, avistó el valle del Rift, el Lago Naivasha y el Monte Kenya. Descubrió el Lago Baringo, bautizó con su nombre la catarata en el río Narok y nombró la cordillera cercana en honor de Lord Aberdare, el entonces presidente de la 'Royal Geographical Society', para finalmente alcanzar las orillas del Lago Victoria el 10 de diciembre de 1883. Ese día, el joven descubridor de la ruta más corta a Uganda vistió el tartán de su clan y junto al lago bailó una danza de su Escocia natal.

El viaje de vuelta fue largo y tortuoso. Thomson fue gravemente corneado en el muslo por un búfalo al que había disparado. Sin embargo, la herida abierta en su pierna, la disentería y los ataques de los maasai no consiguieron doblegar la fortaleza del explorador, quien en mayo de 1884 terminaba en Mombasa su histórico viaje que describió un año más tarde en su segundo libro, 'Through Masai Land' (1885). En lugar de retirarse a disfrutar de sus ganancias y su recién adquirida fama, Thomson continuó vagabundeando por Africa, con el único objetivo de cumplir su sueño de viajar, hasta que en 1895 murió víctima de las numerosas enfermedades que se habían cebado en él durante su corta vida.

Otros pioneros comenzaron a frecuentar la vía abierta por Thomson. El siguiente fue el recién designado obispo anglicano de Kampala, James Hannington. En 1885 acudió a tomar posesión de su diócesis a través de la nueva ruta, descubriendo un lago que bautizó con su nombre y que hoy conocemos como Lago Bogoria. Sin embargo, el infortunado obispo no llegó a su destino: fue asesinado en las orillas del Lago Victoria por orden del cruel rey Mwanga II, ascendido al trono de Buganda en 1884, quien persiguió sistemáticamente a los cristianos y desconfiaba de todo aquel que llegara a su reino desde el este.

A punto de cerrarse la época de las grandes exploraciones del interior de Africa, aún quedaban rincones desconocidos en Kenya. En 1886, el conde austro-húngaro Samuel Teleki von Szek (1845-1916) aceptó la sugerencia de su amigo y benefactor, el príncipe Rudolf, hijo del emperador austro-húngaro Franz-Josef I, para convertir el safari que planeaba en un viaje de exploración de las tierras al norte del Lago Baringo, más allá de donde Thomson había llegado. Y así lo hizo. Acompañado del teniente Ludwig von Höhnel (1856-1942), Teleki emprendió viaje, escalando por vez primera el Monte Kenya, para después continuar hacia el norte y descubrir en 1888 el último de los grandes lagos, al que bautizó en homenaje a su amigo el príncipe, y que hoy conocemos por el nombre de la tribu que habita sus orillas, Turkana. El viaje de Teleki y von Höhnel reveló también al mundo un lago más pequeño, el Stefanie, al sur de Etiopía, rebautizado más tarde como Chew Bahir.

Tiempo después, en 1892, von Höhnel recibió la propuesta de un joven millonario neoyorquino, William Astor Chanler, para unirse a él y a Donaldson Smith en la exploración de la región al norte del río Tana, entre el Lago Rudolf y el río Juba. La expedición no tuvo un gran éxito, los porteadores abandonaron y von Höhnel regresó a la costa en camilla tras ser herido por un rinoceronte, cerrando de esta manera tan poco triunfal la épica historia de la exploración de Kenya.