La frontera del comienzo de la época colonial en Africa Oriental es difusa. La región comenzó a entrar en la órbita británica ya desde las primeras alianzas del sultanato de Muscat con Inglaterra, confirmadas después por Seyyid Said y continuadas durante el sultanato de Zanzíbar. Además de aquel efímero pimer protectorado británico entre 1824 y 1826, las potencias europeas cultivaban sus relaciones comerciales con el sultán. Tanto Inglaterra como Francia pretendían dominar las rutas comerciales con Asia. Desde que comenzó a gestarse el proyecto del canal de Suez, que se pronosticaba como la futura ruta principal para este comercio, la localización de las fuentes del Nilo significaba el control del río y, por tanto, del canal, por lo que Uganda fue un objetivo a conseguir. El canal se abriría en 1869 bajo control francés pero en 1881 Inglaterra compraría la mayor parte de las acciones a un ciudadano egipcio.

Estos intereses de naturaleza política y económica encontraban su contrapartida en otros menos tangibles. Para algunos, la exploración de Africa también tenía motivos personales, ya fueran de inspiración épica o religiosa. Pioneros sobre todos los pioneros, los primeros europeos en internarse más allá de la franja litoral fueron dos misioneros alemanes al servicio de la 'Church Missionary Society', perteneciente a la Iglesia Anglicana.

Durante siglos, las caravanas de los esclavistas árabes viajaron al interior del continente para aprovisionarse de mercancía humana. Tanganyika, la actual Tanzania, era la fuente principal. Las rutas habituales discurrían hacia el interior, hacia la región de los Grandes Lagos, bordeando la actual Kenya y el norte de Tanzania. ¿El motivo? El temor a los maasai, una tribu belicosa y guerrera con la que ninguna expedición se atrevía a encararse. Hasta bien entrada esta edad de oro de las exploraciones africanas, todos los europeos que se aventuraban al interior lo hacían utilizando las rutas tradicionales que evitaban el país Maasai, y las primeras incursiones en esta región se produjeron bajo la protección de auténticos ejércitos. Excepto en el caso de Johannes Rebmann y Ludwig Krapf, los misioneros que, armados únicamente con un parasol y una Biblia, fueron los primeros europeos en explorar el interior de Kenya.

En 1844, Johann Ludwig Krapf (1810-1885) estableció una misión en Rabai, a las afueras de Mombasa, animado a ello por el sultán. Fue el primero en traducir la Biblia al swahili y escribió la primera gramática y diccionario. En 1848 se le unió Johannes Rebmann (1820-1876). Ambos planearon turnarse en una serie de expediciones evangelizadoras al interior del continente. El 11 de mayo de este año, Rebmann divisó la cumbre nevada del Kilimanjaro. Al año siguiente, el 3 de diciembre de 1849, Krapf avistó desde lo que hoy es Kitui otra imponente montaña, que los kikuyu consideraban la morada de su dios Ngai y a la que denominaban Kima ja Kegnia, Kirinjaga, Kirinyaga, o Kere-Nyaga (montaña de blancura), de donde derivó el actual nombre del país. Las descripciones de los misioneros fueron recibidas con escepticismo por la comunidad científica europea, que consideraba imposible la existencia de nieves perpetuas a tan poca distancia del Ecuador. Las observaciones de los misioneros fueron recogidas en un mapa por un tercer religioso, Jakob Erhardt, quien se unió a la misión de Rabai en 1849. Basado en sus experiencias y en las narraciones de los viajeros árabes, dibujó el famoso "mapa babosa", en el que además de las dos montañas aparecía un vasto mar interior con la forma de este molusco.

En años posteriores, Krapf repitió sus expediciones, siendo el primer europeo en explorar el río Tana y en cruzar el Tsavo, el primero en pisar la Yatta Plateau y en avistar el valle del Rift. El misionero siempre se consideró antes un hombre de Dios que un explorador, ya que el objetivo de sus viajes no era el conocimiento sino la cristianización de las tribus del interior. Sin embargo, el enorme éxito de su labor exploradora no se vio acompañado por los resultados de su tarea evangelizadora, en la que fracasó. Enfermo, Krapf regresó finalmente a Europa, donde murió sin ver colmadas sus aspiraciones.

Un día, Rebmann recibió la visita de Richard Francis Burton (1821-1890), un oficial británico que planeaba, junto a su amigo y compañero de exploraciones el también oficial John Hanning Speke (1827-1864), desvelar definitivamente el misterio de las fuentes del Nilo. Burton, aventurero, culto y documentado, conocía el mapa de Ptolomeo y los viajes de los misioneros. Las expediciones organizadas hasta la fecha a la búsqueda del nacimiento del Nilo habían partido desde su desembocadura, en el Mediterráneo. Todos habían fracasado al fin, muriendo desorientados entre ciénagas y junglas pantanosas o regresando sin cumplir su objetivo. Burton había ideado una ruta atravesando el continente desde la costa oriental, pero su primer intento partiendo desde Somalia en 1855 había fracasado tras un sangriento ataque de los nativos. Rebmann le entregó a Burton el mapa babosa y le aconsejó que atravesara el país Maasai, probablemente la ruta más corta. Desoyendo el consejo del misionero por temor a la belicosa tribu, Burton y Speke abordaron su empresa por el sur, siguiendo las rutas de los esclavistas árabes.

La expedición partió de Zanzíbar el 17 de junio de 1857, con la ayuda de Sidi Bombay, guía swahili que se haría imprescindible en la exploración africana, acompañando después a Stanley en dos de sus viajes. Tras un largo y penoso periplo plagado de enfermedades, robos y deserciones, el 14 de febrero del año siguiente Burton y Speke se convertían en los primeros europeos en divisar las aguas del Lago Tanganyika. Por entonces, Burton no podía caminar debido a la malaria y Speke estaba virtualmente ciego a causa de una infección. Las versiones sobre lo que realmente ocurrió después difieren, principalmente debido a la enemistad motivada por caracteres tan opuestos, que se refleja en la disparidad de las narraciones. Parece claro que Burton permaneció en Tabora, una ciudad del interior famosa por su activo comercio de esclavos, mientras Speke continuó en solitario hacia el norte y llegó a un enorme lago, al que bautizó Lago Victoria en tributo a su reina. Desde el primer momento, Speke atribuyó al Victoria el origen del Nilo, sin llegar realmente a localizar el nacimiento del río. Burton, bien debido a su mayor rigor científico o quizá a los celos por el descubrimiento de su ahora adversario, no reconoció tal descubrimiento. Tras el viaje de regreso, Burton permaneció en Zanzíbar, mientras Speke regresaba a Londres y se autoproclamaba descubridor de las fuentes del Nilo. Burton no fue reconocido y en su obra 'Lake Regions of Central Africa' (1860) cometió el error de sostener que el Tanganyika era la auténtica fuente del Nilo.

Speke regresó al Lago Victoria en 1860, con el apoyo de la 'Royal Geographical Society' y acompañado por su amigo James Augustus Grant. Los dos exploradores fueron recibidos en la actual Kampala por el kabaka o rey de Buganda, Mutesa I. Allí fueron informados de una gran corriente de agua que surgía hacia el este, en la orilla norte del lago. Speke envió a Grant a estudiar el camino de regreso río abajo hacia el Mediterráneo mientras se reservaba para sí el gran descubrimiento, una pequeña catarata que bautizó como Ripon Falls, en la cual el lago se desbordaba para dar origen al gran río. Speke se unió a Grant corriente abajo hasta Khartoum, desde donde envió un despacho a Londres en el que daba cuenta de su descubrimiento: "The Nile is settled". Sin embargo, Speke nunca llegó a aportar suficientes pruebas que apoyaran su hipótesis: el viaje de regreso no pudo realizarse siguiendo el curso del río debido a enfrentamientos con los nativos.

Durante el viaje de regreso, Speke y Grant coincidieron en Gondokoro con otra expedición inglesa, comandada por Samuel Baker y su futura esposa Florence von Sass. Speke les comunicó la posible existencia de otro gran lago al oeste del Victoria. Baker y von Sass siguieron las indicaciones de Speke y llegaron así en 1864 al Lago Alberto, que forma parte del curso del Nilo en su recorrido hacia el norte.

La agria polémica entre Burton y Speke se llevó a debate público. En 1864 la 'British Association for the Advancement of Science' organizó el conocido como "duelo del Nilo", en el que ambos exploradores estaban invitados a exponer y discutir sus tesis respectivas. El debate nunca llegó a celebrarse. Speke murió ese mismo día en un extraño accidente de caza, que algunos calificaron como suicidio por temor a la presión y a enfrentarse con su antiguo amigo, muy superior en el arte de la discusión.

David Livingstone (1813-1873), misionero escocés y padre la exploración africana, fue famoso en vida, querido y admirado por la sociedad victoriana tanto por sus descubrimientos en Africa Central como por sus principales motivaciones, llevar la palabra del Dios cristiano y la civilización occidental a los indígenas y abolir el tráfico de esclavos. Buscó las fuentes del Nilo, aunque sus descubrimientos más importantes se situaron hacia el sur. Entre ellos destacan las cataratas Victoria en el Zambeze, bautizadas por Livingstone en 1855. Al término de su tercera y última expedición africana, Livingstone se encontraba en Ujiji, en la costa este del Lago Tanganyika, envejecido y casi paralizado por las hemorroides. Mientras, en Europa, crecía la inquietud por el paradero de Livingstone. Fue así como en 1869 un periodista galés emigrado a Norteamérica, Henry Morton Stanley (1841-1904), fue enviado por el 'New York Herald' en su búsqueda. El periodista le localizó en Ujiji en octubre de 1871. Livingstone, repuesto de su enfermedad, acompañó a Stanley en algunas de sus exploraciones al norte del Tanganyika, pero rehusó regresar con él a Inglaterra. Fiel a su pasión, Livingstone emprendió de nuevo viaje al sur y murió en Chitambo, en la actual Zambia, el 1 de mayo de 1873. La causa de su muerte fueron las hemorroides, de las que repetidamente se negó a operarse. Un absurdo final para una figura mítica que sobrevivió a mil peligros.

Stanley era opuesto a Livingstone: racista, ambicioso y falto de escrúpulos. Sin embargo, ambos desarrollaron una gran amistad, hasta tal punto que, tras la muerte de Livingstone, Stanley decidió continuar su obra de exploración. Aún quedaban muchas cuestiones geográficas por resolver, entre ellas la confirmación del nacimiento del Nilo en el Lago Victoria. Financiado por el 'New York Herald' y el 'Daily Telegraph', Stanley partió de Zanzíbar en noviembre de 1874. Su visita al rey Mutesa I de Buganda abrió las puertas a los misioneros cristianos y sentó las bases para el establecimiento de un protectorado británico en Uganda. Stanley circunnavegó el Lago Victoria, lo que le permitió corroborar las hipótesis de Speke, comprobando al mismo tiempo la conexión con el Lago Alberto. Confirmó que no existía conexión entre el Tanganyika y el Victoria, rebatiendo a Burton. Resuelto a zanjar la cuestión definitivamente, Stanley refutó también la teoría de Livingstone, según la cual el río Lualaba formaría parte del sistema del Nilo corriente arriba del Lago Victoria. Stanley desveló que el Lualaba es en realidad un tributario del Congo, el cual navegó río abajo hasta su desembocadura en el Atlántico. El 12 de agosto de 1877, Stanley se convertía en el segundo europeo en cruzar el continente de océano a océano, unos meses después de que lo hiciera el explorador Vernon Cameron. Su segundo viaje quedó descrito para la posteridad en 'Through the Dark Continent' (1878).

Stanley continuó viajando por el territorio del Congo, en esta ocasión al servicio del rey de Bélgica. Pero una última gesta le aguardaba: en 1887 recibió la oferta de rescatar a Emin Pasha, un judío alemán y súbdito británico que había trabajado como mercenario para el jedive Ismael de Egipto, el cual le nombró gobernador de la provincia egipcia de Ecuatoria, en la cabecera del Nilo, con el visto bueno de Inglaterra. La revuelta del caudillo fundamentalista islámico El Mahdi, en el Sudán, aisló la provincia de Ecuatoria del resto de Egipto, poniendo en peligro el dominio de la región y la vida de su gobernador. Stanley acudió al rescate de Emin Pasha sólo para descubrir que éste no tenía intención de abandonar su provincia, a la que había declarado soberana aprovechando la circunstancia. Contra su voluntad, Emin Pasha fue conducido por Stanley hasta Zanzíbar.

El rescate de Emin Pasha fue una aventura novelesca tan famosa en sus días como el encuentro de Stanley con Livingstone. Sin embargo, al margen de su carácter épico, la ruta reservó nuevos descubrimientos para Stanley. Su viaje le llevó al río Semliki, que conecta los Lagos Eduardo y Alberto, formando parte por tanto del sistema del Nilo. Pero aún más importante, Stanley conseguiría por fin divisar los picos de la cordillera del Ruwenzori, las Montañas de la Luna. Ocultas entre las nubes durante la mayor parte del tiempo, estas cumbres nevadas habían pasado inadvertidas primero a Samuel Baker y después al propio Stanley en su segundo viaje. Finalmente se cerraba el círculo: las nieves de las Montañas de la Luna alimentaban, tal como siempre se había creído, las fuentes del Nilo.